Die sehr alte Siedlung Penk gehörte seit altersher zu den Besitzungen des Benediktinerklosters und Reichsstifts Niedermünster in Regensburg. Der Ort ist im Einkünftebuch des Stiftes Niedermünster als Pennchk auf dem pawerbach (Bayerbach) verzeichnet. Hier stand um 1200 ein Amtshof der Frauen von Niedermünster, der acht Haushuben umfaßte. Diese acht Haushuben zu Pennchk hatten an den Klosterkasten Abgaben zu entrichten. Die Gaststube zu Pennchk diente als Herberge, wo "der Amtmann die Gäste ausrichten sollte".
Aus den acht Huben gingen jährlich an Martini 82 Pfennig für die Abtei, ein halbes Pfund Pfennig für den Propst, viereinhalb Pfennig und vierhundert Eier für den Stiftskeller und acht Hühner und zehn Käse für das Hofamt ein. Eine dieser Haushuben lag in Grewlsperg (Greilsberg) und war der Herrschaft in Pennchk angegliedert. Außerdem hatte jede Hube zu Martini zwanzig Pfennig Kammerschatz und vierzig Pfennig für Frischlinge an das Hofamt zu entrichten. Am Dreikönigstag hatten sie drei Mut Weizen, ein gemästetes Schwein oder dafür 10 Pfennig, vier Hühner und sechs Metzen Kammerhafer zu reichen. Die Huber von Pennchk mußten diese Rechnisse selbst abholen und von Beutelhausen Bauern als Zeugen mitnehmen, dass das Maß stimmte.
Ein Erbgut des Klosters, das in Pennchk lag, hatte an Peter und Paul ans Hofamt 22,5 Pfennig und zum Dreikönigsfest die gleiche "Gült" abzuführen. Der oberste Klosterprobst bezog aus Pennchk zwei Schweine oder dafür ein halbes Pfund Pfennig. Pennchk war der Gerichtsschranne von Niederlindhart zugeteilt, wo nach alter Gewohnheit jährlich drei Ehehaftteidung und jedesmal etwa vierzehn Tage nachher Nachteidinge gehalten werden mussten.
Im Grundbuch von Niederbayern aus der Zeit um 1270 werden die acht Huben des Klosters Niedermünster, die in Pennchk lagen, ausdrücklich erwähnt. Sie gehörten dem Viztumamte Straubing und dem Gericht Abbach an.
Im Verpfändungsbuch der bayerischen Herzöge, das mit dem Jahr 1318 beginnt, ist zu lesen, dass Friedrich Siegenhofer den Amtshof und acht Huben von Pennchk inne hatte, von denen jede ein halbes Pfund Pfennig zu zahlen hatte. Diese Stücke genoß er ohne die Bewilligung des Herzogs. Die herzoglichen Beamten schätzten, dass Siegenhofer um sechs Pfennig drei Schilling und zwölf Pfennig zuviel an Einkommen beziehe. Pennchk wird 1318 unter den Ort des Amtes Elnpach (Oberellenbach) aufgeführt.
Im gleichen Pfandbuch ist zu ersehen, dass ein Berchtold Grövl um 1318 eine Hube in Pennchk als Mitgift besaß. Auch ist im Pfandbuch vorgetragen, dass Friedrich Siegenhofer aus den acht Huben in Pennchk ein übermäßiges Einkommen hatte.
Weiter wird berichtet, dass Ort, der Amman zu Penchk von Chunrad dem Schawer zu Oberpewerbach ein Darlehen von zehn Pfund Regensburger Pfennig und dritthalb Schaff Korn nach Landshuter Maß entlohnt hat. Am 19. Oktober 1376 versprach der das Geld und das Getreide bis zum nächsten Michaelitage zurückerstatten zu wollen. Als Pfand setzte er sein Baurecht auf dem halben Amtshofe zu Penkch ein. Unter den Zeugen, die seinem Versprechen beiwohnten, war Chunrad der Lofflär, Zachreis der Newmayer und Albert der Moczenpruker von Penkch.
Bei der Erbteilung zwischen den bayerischen Herzögen Wilhelm und Ernst, die am 2. Oktober 1429 in Straubing statt fand, wird auch der Ort Penk bei Lindhart erwähnt.
Die Gerichtsurkunden von Kirchberg berichten von einem Kaufbrief vom 16. April 1403, wonach Albrecht der Grocmayer von Durnhetenpach (Dürrenhettenbach) seine Äcker und seine Hofstatt zu Günhart an Heinrich Forster von Günhart veräußerte. Bei diesem Kaufabschluss waren Pertold der Pochnär von Lengthal und Chunrad der Pyrkner von Penck als Zeugen anwesend. Friedrich Amman zu Penk und seine Hausfrau Kunigund erhielten am 22. März 1438 von Martein Hädrer, Kaplan des lieben Herrn sant Erasm in der Alten Kapelle zu Regensburg, den Hof zu Tettenchofen zu Leibrecht. Sie hatten dafür Reichnisse an Weizen, Korn, Gerste, Gänsen, Hühnern, Eiern, Käse, Öl und eine Wiesengült zu entrichten. Der Propstrichter Hans Dornär von Geiselhöring siegelte den Leibrechtsbrief; unter den Zeugen waren Pfarrer Erhard Kellermeier von Pinkofen und die Wirte Jörg und Hans von Geiselhöring.
In einem Brief vom 28. Januar 1573 erscheinen Margaret, die Witwe des Georg Frolich zu Penk und ihr Bruder Leonhard Widmann von Metting. Pfarrer Georg Prückhl von Westen verfaßte ein Pfarrbuch, das alle Reichnisse und Rechte des Pfarrers aufzählte. In diesem Buch, das am 28. April 1593 abgeschrieben wurde, ist auch Penk erwähnt. Im Jahre 1823 galt Penk als Weiler mit elf Häusern. Im bayerischen Ortsverzeichnis von 1840 wird Penk als Weiler in der Pfarrei Westen und im Landgericht Pfaffenberg angegeben; es zählte danach elf Häuser und 65 Einwohner. 1913 gab es im Dorf Penk in der Pfarrei Hofkirchen und Kuratbenefizium Bayerbach elf Häuser und 91 Seelen, 1925 werden in Penk zehn Häuser und 69 Einwohner gezählt. Die ganze Gemeinde Penk bestand 1925 aus einer Fläche von 746,08ha vier Ortschaften und 168 Einwohner (78 Männer und Knaben, 90 Frauen und Mädchen od. Ledige, 47 Verheiratete und 6 Witwer und Witwen).
Im Jahre 1988 zählte man in Penk 15 Häuser und 56 Einwohner. Die Selbstständigkeit der Gemeinde Penk endete am 31.1.1966, nachdem der Gemeinderat beschlossen hatte sich freiwillig an die Nachbargemeinden Bayerbach und Langenhettenbach anzuschließen. Penk gehört seit diesem Zeitpunkt zur Gemeinde Bayerbach an. Die Ortsteile Dürrenhettenbach, Stocka schlossen sich an Langenhettenbach an. Penk und Pirket brachten nach Bayerbach mit 397 Flurstücken 446,3911ha Grundstücksflächen ein.
Penk zählt derzeit (Dezember 2009) 16 Häuser und 55 Einwohner.